test_that("Clusters were made correctly", { skip_if_not_installed("scRNAseq", minimum_version = NULL) skip_if_not_installed("SummarizedExperiment", minimum_version = NULL) sce <- scRNAseq::ZeiselBrainData() counts_matrix <- SummarizedExperiment::assay(sce, "counts") rownames(counts_matrix) <- gsub("_", "-", rownames(counts_matrix)) seurat_obj <- Seurat::CreateSeuratObject(counts_matrix) cell_names <- colnames(seurat_obj@assays$RNA)[1:150] seurat_obj <- subset(seurat_obj, cells = cell_names) seurat_obj <- Seurat::NormalizeData(seurat_obj) seurat_obj <- Seurat::FindVariableFeatures(seurat_obj) seurat_obj <- Seurat::ScaleData(seurat_obj) seurat_obj <- Seurat::RunPCA(seurat_obj) result <- scStability::clustStable(n_runs = 10, seurat_obj, n_cores = 8) expect_equal(length(result$cluster_labels), 10) expect_equal(length(result$cluster_labels[[1]]), 150) })