test_that("Check final embeddings and clusters", { sce <- scRNAseq::ZeiselBrainData() counts_matrix <- SummarizedExperiment::assay(sce, "counts") seurat_obj <- Seurat::CreateSeuratObject(counts_matrix) cell_names <- colnames(seurat_obj@assays$RNA)[1:200] seurat_obj <- subset(seurat_obj, cells = cell_names) seurat_obj <- Seurat::NormalizeData(seurat_obj) seurat_obj <- Seurat::FindVariableFeatures(seurat_obj) seurat_obj <- Seurat::ScaleData(seurat_obj) seurat_obj <- Seurat::RunPCA(seurat_obj) result <- scStability::scStability(seurat_obj, n_runs = 10, n_cores = 8) expect_equal(dim(result$mean_emb), c(200, 2)) expect_equal(length(result$mean_clust), 200) })