test_that("Check final embeddings and clusters", {
  sce <- scRNAseq::ZeiselBrainData()
  counts_matrix <- SummarizedExperiment::assay(sce, "counts")
  counts_matrix <- as.matrix(counts_matrix[1:1000, 1:100])
  seurat_obj <- Seurat::CreateSeuratObject(counts_matrix)
  seurat_obj <- Seurat::NormalizeData(seurat_obj)
  seurat_obj <- Seurat::FindVariableFeatures(seurat_obj)
  seurat_obj <- Seurat::ScaleData(seurat_obj)
  seurat_obj <- Seurat::RunPCA(seurat_obj, npcs = 10)
  result <- scStability::scStability(seurat_obj, n_runs = 10)
  expect_equal(dim(result$mean_emb), c(100, 2))
  expect_equal(length(result$mean_clust), 100)
})