test_that("Clusters were made correctly", { sce <- scRNAseq::ZeiselBrainData() counts_matrix <- SummarizedExperiment::assay(sce, "counts") counts_matrix <- counts_matrix[1:1000, 1:100] seurat_obj <- Seurat::CreateSeuratObject(counts_matrix) seurat_obj <- Seurat::NormalizeData(seurat_obj) seurat_obj <- Seurat::FindVariableFeatures(seurat_obj) seurat_obj <- Seurat::ScaleData(seurat_obj) seurat_obj <- Seurat::RunPCA(seurat_obj, npcs = 10) result <- scStability::clustStable(n_runs = 10, seurat_obj, n_cores = 6) expect_equal(length(result$cluster_labels), 10) expect_equal(length(result$cluster_labels[[1]]), 100) })