R Under development (unstable) (2023-08-20 r84995 ucrt) -- "Unsuffered Consequences" Copyright (C) 2023 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > library(Rarity) > data(spid.occ) > > # Vector > o <- spid.occ[1:50, 1] > names(o) <- rownames(spid.occ)[1:50] > rWeights(o) Rarity cut-off point: 0.05357143 / 3 Q R W cut.off Acartauchenius scurrilis 3 1 0.051 0.05357143 Achaearanea riparia 2 1 0.285 0.05357143 Achaearanea simulans 3 1 0.051 0.05357143 Aculepeira ceropegia 2 1 0.285 0.05357143 Aelurillus v-insignitus 10 0 0.000 0.05357143 Agalenatea redii 28 0 0.000 0.05357143 Agelena labyrinthica 20 0 0.000 0.05357143 Agraecina lineata 1 1 1.000 0.05357143 Agroeca brunnea 15 0 0.000 0.05357143 Agroeca cuprea 7 0 0.000 0.05357143 Agroeca inopina 16 0 0.000 0.05357143 Agroeca lusatica 6 0 0.000 0.05357143 Agroeca proxima 18 0 0.000 0.05357143 Agyneta cauta 2 1 0.285 0.05357143 Agyneta conigera 5 0 0.000 0.05357143 Agyneta decora 1 1 1.000 0.05357143 Agyneta ramosa 2 1 0.285 0.05357143 Agyneta subtilis 7 0 0.000 0.05357143 Alioranus pauper 1 1 1.000 0.05357143 Allagelena gracilens 6 0 0.000 0.05357143 Allomengea vidua 1 1 1.000 0.05357143 Alopecosa accentuata 8 0 0.000 0.05357143 Alopecosa albofasciata 6 0 0.000 0.05357143 Alopecosa barbipes 15 0 0.000 0.05357143 Alopecosa cuneata 21 0 0.000 0.05357143 Alopecosa cursor 5 0 0.000 0.05357143 Alopecosa fabrilis 7 0 0.000 0.05357143 Alopecosa pulverulenta 24 0 0.000 0.05357143 Alopecosa striatipes 7 0 0.000 0.05357143 Alopecosa trabalis 5 0 0.000 0.05357143 Altella lucida 3 1 0.051 0.05357143 Amaurobius erberi 14 0 0.000 0.05357143 Amaurobius fenestralis 10 0 0.000 0.05357143 Amaurobius ferox 34 0 0.000 0.05357143 Amaurobius similis 25 0 0.000 0.05357143 Anelosimus pulchellus 3 1 0.051 0.05357143 Anelosimus vittatus 26 0 0.000 0.05357143 Antistea elegans 19 0 0.000 0.05357143 Anyphaena accentuata 35 0 0.000 0.05357143 Aphantaulax trifasciata 6 0 0.000 0.05357143 Aphileta misera 5 0 0.000 0.05357143 Apostenus fuscus 2 1 0.285 0.05357143 Araeoncus humilis 8 0 0.000 0.05357143 Araneus alsine 5 0 0.000 0.05357143 Araneus angulatus 14 0 0.000 0.05357143 Araneus diadematus 56 0 0.000 0.05357143 Araneus marmoreus 3 1 0.051 0.05357143 Araneus pallidus 2 1 0.285 0.05357143 Araneus quadratus 17 0 0.000 0.05357143 Araneus sturmi 8 0 0.000 0.05357143 > > # with NAs > o[3:5] <- NA > rWeights(o) Rarity cut-off point: 0.05357143 / 3 Q R W cut.off Acartauchenius scurrilis 3 1 0.051 0.05357143 Achaearanea riparia 2 1 0.285 0.05357143 Achaearanea simulans NA NA NA 0.05357143 Aculepeira ceropegia NA NA NA 0.05357143 Aelurillus v-insignitus NA NA NA 0.05357143 Agalenatea redii 28 0 0.000 0.05357143 Agelena labyrinthica 20 0 0.000 0.05357143 Agraecina lineata 1 1 1.000 0.05357143 Agroeca brunnea 15 0 0.000 0.05357143 Agroeca cuprea 7 0 0.000 0.05357143 Agroeca inopina 16 0 0.000 0.05357143 Agroeca lusatica 6 0 0.000 0.05357143 Agroeca proxima 18 0 0.000 0.05357143 Agyneta cauta 2 1 0.285 0.05357143 Agyneta conigera 5 0 0.000 0.05357143 Agyneta decora 1 1 1.000 0.05357143 Agyneta ramosa 2 1 0.285 0.05357143 Agyneta subtilis 7 0 0.000 0.05357143 Alioranus pauper 1 1 1.000 0.05357143 Allagelena gracilens 6 0 0.000 0.05357143 Allomengea vidua 1 1 1.000 0.05357143 Alopecosa accentuata 8 0 0.000 0.05357143 Alopecosa albofasciata 6 0 0.000 0.05357143 Alopecosa barbipes 15 0 0.000 0.05357143 Alopecosa cuneata 21 0 0.000 0.05357143 Alopecosa cursor 5 0 0.000 0.05357143 Alopecosa fabrilis 7 0 0.000 0.05357143 Alopecosa pulverulenta 24 0 0.000 0.05357143 Alopecosa striatipes 7 0 0.000 0.05357143 Alopecosa trabalis 5 0 0.000 0.05357143 Altella lucida 3 1 0.051 0.05357143 Amaurobius erberi 14 0 0.000 0.05357143 Amaurobius fenestralis 10 0 0.000 0.05357143 Amaurobius ferox 34 0 0.000 0.05357143 Amaurobius similis 25 0 0.000 0.05357143 Anelosimus pulchellus 3 1 0.051 0.05357143 Anelosimus vittatus 26 0 0.000 0.05357143 Antistea elegans 19 0 0.000 0.05357143 Anyphaena accentuata 35 0 0.000 0.05357143 Aphantaulax trifasciata 6 0 0.000 0.05357143 Aphileta misera 5 0 0.000 0.05357143 Apostenus fuscus 2 1 0.285 0.05357143 Araeoncus humilis 8 0 0.000 0.05357143 Araneus alsine 5 0 0.000 0.05357143 Araneus angulatus 14 0 0.000 0.05357143 Araneus diadematus 56 0 0.000 0.05357143 Araneus marmoreus 3 1 0.051 0.05357143 Araneus pallidus 2 1 0.285 0.05357143 Araneus quadratus 17 0 0.000 0.05357143 Araneus sturmi 8 0 0.000 0.05357143 > > # matrix > o <- spid.occ[1:50, ] > rWeights(o) Rarity cut-off points: occurMA 0.0535714285714286 / 3 occurWP 0.423076923076923 / 22 Q1 Q2 R1 R2 W cut.off1 cut.off2 Acartauchenius scurrilis 3 22 1 1 0.102 0.05357143 0.4230769 Achaearanea riparia 2 27 1 0 0.300 0.05357143 0.4230769 Achaearanea simulans 3 26 1 0 0.070 0.05357143 0.4230769 Aculepeira ceropegia 2 41 1 0 0.286 0.05357143 0.4230769 Aelurillus v-insignitus 10 35 0 0 0.001 0.05357143 0.4230769 Agalenatea redii 28 51 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Agelena labyrinthica 20 45 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Agraecina lineata 1 7 1 1 1.777 0.05357143 0.4230769 Agroeca brunnea 15 28 0 0 0.011 0.05357143 0.4230769 Agroeca cuprea 7 29 0 0 0.009 0.05357143 0.4230769 Agroeca inopina 16 8 0 1 0.678 0.05357143 0.4230769 Agroeca lusatica 6 21 0 1 0.064 0.05357143 0.4230769 Agroeca proxima 18 29 0 0 0.009 0.05357143 0.4230769 Agyneta cauta 2 27 1 0 0.300 0.05357143 0.4230769 Agyneta conigera 5 29 0 0 0.009 0.05357143 0.4230769 Agyneta decora 1 22 1 1 1.051 0.05357143 0.4230769 Agyneta ramosa 2 25 1 0 0.310 0.05357143 0.4230769 Agyneta subtilis 7 26 0 0 0.019 0.05357143 0.4230769 Alioranus pauper 1 6 1 1 1.884 0.05357143 0.4230769 Allagelena gracilens 6 27 0 0 0.015 0.05357143 0.4230769 Allomengea vidua 1 19 1 1 1.099 0.05357143 0.4230769 Alopecosa accentuata 8 23 0 0 0.040 0.05357143 0.4230769 Alopecosa albofasciata 6 30 0 0 0.007 0.05357143 0.4230769 Alopecosa barbipes 15 18 0 1 0.121 0.05357143 0.4230769 Alopecosa cuneata 21 36 0 0 0.001 0.05357143 0.4230769 Alopecosa cursor 5 29 0 0 0.009 0.05357143 0.4230769 Alopecosa fabrilis 7 25 0 0 0.025 0.05357143 0.4230769 Alopecosa pulverulenta 24 44 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Alopecosa striatipes 7 17 0 1 0.149 0.05357143 0.4230769 Alopecosa trabalis 5 30 0 0 0.007 0.05357143 0.4230769 Altella lucida 3 11 1 1 0.484 0.05357143 0.4230769 Amaurobius erberi 14 27 0 0 0.015 0.05357143 0.4230769 Amaurobius fenestralis 10 34 0 0 0.002 0.05357143 0.4230769 Amaurobius ferox 34 28 0 0 0.011 0.05357143 0.4230769 Amaurobius similis 25 23 0 0 0.040 0.05357143 0.4230769 Anelosimus pulchellus 3 20 1 1 0.131 0.05357143 0.4230769 Anelosimus vittatus 26 32 0 0 0.004 0.05357143 0.4230769 Antistea elegans 19 32 0 0 0.004 0.05357143 0.4230769 Anyphaena accentuata 35 40 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Aphantaulax trifasciata 6 22 0 1 0.051 0.05357143 0.4230769 Aphileta misera 5 20 0 1 0.080 0.05357143 0.4230769 Apostenus fuscus 2 23 1 0 0.326 0.05357143 0.4230769 Araeoncus humilis 8 37 0 0 0.001 0.05357143 0.4230769 Araneus alsine 5 30 0 0 0.007 0.05357143 0.4230769 Araneus angulatus 14 42 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Araneus diadematus 56 52 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Araneus marmoreus 3 37 1 0 0.052 0.05357143 0.4230769 Araneus pallidus 2 5 1 1 1.285 0.05357143 0.4230769 Araneus quadratus 17 37 0 0 0.001 0.05357143 0.4230769 Araneus sturmi 8 34 0 0 0.002 0.05357143 0.4230769 > > # with NAs > o[3, 1] <- NA > o[4, 2] <- NA > o[5, ] <- NA > rWeights(o) Rarity cut-off points: occurMA 0.0535714285714286 / 3 occurWP 0.423076923076923 / 22 Q1 Q2 R1 R2 W cut.off1 cut.off2 Acartauchenius scurrilis 3 22 1 1 0.102 0.05357143 0.4230769 Achaearanea riparia 2 27 1 0 0.300 0.05357143 0.4230769 Achaearanea simulans NA 26 NA 0 NA 0.05357143 0.4230769 Aculepeira ceropegia 2 NA 1 NA NA 0.05357143 0.4230769 Aelurillus v-insignitus NA NA NA NA NA 0.05357143 0.4230769 Agalenatea redii 28 51 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Agelena labyrinthica 20 45 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Agraecina lineata 1 7 1 1 1.777 0.05357143 0.4230769 Agroeca brunnea 15 28 0 0 0.011 0.05357143 0.4230769 Agroeca cuprea 7 29 0 0 0.009 0.05357143 0.4230769 Agroeca inopina 16 8 0 1 0.678 0.05357143 0.4230769 Agroeca lusatica 6 21 0 1 0.064 0.05357143 0.4230769 Agroeca proxima 18 29 0 0 0.009 0.05357143 0.4230769 Agyneta cauta 2 27 1 0 0.300 0.05357143 0.4230769 Agyneta conigera 5 29 0 0 0.009 0.05357143 0.4230769 Agyneta decora 1 22 1 1 1.051 0.05357143 0.4230769 Agyneta ramosa 2 25 1 0 0.310 0.05357143 0.4230769 Agyneta subtilis 7 26 0 0 0.019 0.05357143 0.4230769 Alioranus pauper 1 6 1 1 1.884 0.05357143 0.4230769 Allagelena gracilens 6 27 0 0 0.015 0.05357143 0.4230769 Allomengea vidua 1 19 1 1 1.099 0.05357143 0.4230769 Alopecosa accentuata 8 23 0 0 0.040 0.05357143 0.4230769 Alopecosa albofasciata 6 30 0 0 0.007 0.05357143 0.4230769 Alopecosa barbipes 15 18 0 1 0.121 0.05357143 0.4230769 Alopecosa cuneata 21 36 0 0 0.001 0.05357143 0.4230769 Alopecosa cursor 5 29 0 0 0.009 0.05357143 0.4230769 Alopecosa fabrilis 7 25 0 0 0.025 0.05357143 0.4230769 Alopecosa pulverulenta 24 44 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Alopecosa striatipes 7 17 0 1 0.149 0.05357143 0.4230769 Alopecosa trabalis 5 30 0 0 0.007 0.05357143 0.4230769 Altella lucida 3 11 1 1 0.484 0.05357143 0.4230769 Amaurobius erberi 14 27 0 0 0.015 0.05357143 0.4230769 Amaurobius fenestralis 10 34 0 0 0.002 0.05357143 0.4230769 Amaurobius ferox 34 28 0 0 0.011 0.05357143 0.4230769 Amaurobius similis 25 23 0 0 0.040 0.05357143 0.4230769 Anelosimus pulchellus 3 20 1 1 0.131 0.05357143 0.4230769 Anelosimus vittatus 26 32 0 0 0.004 0.05357143 0.4230769 Antistea elegans 19 32 0 0 0.004 0.05357143 0.4230769 Anyphaena accentuata 35 40 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Aphantaulax trifasciata 6 22 0 1 0.051 0.05357143 0.4230769 Aphileta misera 5 20 0 1 0.080 0.05357143 0.4230769 Apostenus fuscus 2 23 1 0 0.326 0.05357143 0.4230769 Araeoncus humilis 8 37 0 0 0.001 0.05357143 0.4230769 Araneus alsine 5 30 0 0 0.007 0.05357143 0.4230769 Araneus angulatus 14 42 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Araneus diadematus 56 52 0 0 0.000 0.05357143 0.4230769 Araneus marmoreus 3 37 1 0 0.052 0.05357143 0.4230769 Araneus pallidus 2 5 1 1 1.285 0.05357143 0.4230769 Araneus quadratus 17 37 0 0 0.001 0.05357143 0.4230769 Araneus sturmi 8 34 0 0 0.002 0.05357143 0.4230769 > rWeights(o, extended = TRUE) Rarity cut-off points: occurMA 0.0535714285714286 / 3 occurWP 0.423076923076923 / 22 Q1 Q2 R1 R2 W1 W2 W cut.off1 cut.off2 Acartauchenius scurrilis 3 22 1 1 0.051 0.051 0.102 0.05357143 0.4230769 Achaearanea riparia 2 27 1 0 0.285 0.015 0.300 0.05357143 0.4230769 Achaearanea simulans NA 26 NA 0 NA 0.019 NA 0.05357143 0.4230769 Aculepeira ceropegia 2 NA 1 NA 0.285 NA NA 0.05357143 0.4230769 Aelurillus v-insignitus NA NA NA NA NA NA NA 0.05357143 0.4230769 Agalenatea redii 28 51 0 0 0.000 0.000 0.000 0.05357143 0.4230769 Agelena labyrinthica 20 45 0 0 0.000 0.000 0.000 0.05357143 0.4230769 Agraecina lineata 1 7 1 1 1.000 0.777 1.777 0.05357143 0.4230769 Agroeca brunnea 15 28 0 0 0.000 0.011 0.011 0.05357143 0.4230769 Agroeca cuprea 7 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.05357143 0.4230769 Agroeca inopina 16 8 0 1 0.000 0.678 0.678 0.05357143 0.4230769 Agroeca lusatica 6 21 0 1 0.000 0.064 0.064 0.05357143 0.4230769 Agroeca proxima 18 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.05357143 0.4230769 Agyneta cauta 2 27 1 0 0.285 0.015 0.300 0.05357143 0.4230769 Agyneta conigera 5 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.05357143 0.4230769 Agyneta decora 1 22 1 1 1.000 0.051 1.051 0.05357143 0.4230769 Agyneta ramosa 2 25 1 0 0.285 0.025 0.310 0.05357143 0.4230769 Agyneta subtilis 7 26 0 0 0.000 0.019 0.019 0.05357143 0.4230769 Alioranus pauper 1 6 1 1 1.000 0.884 1.884 0.05357143 0.4230769 Allagelena gracilens 6 27 0 0 0.000 0.015 0.015 0.05357143 0.4230769 Allomengea vidua 1 19 1 1 1.000 0.099 1.099 0.05357143 0.4230769 Alopecosa accentuata 8 23 0 0 0.000 0.040 0.040 0.05357143 0.4230769 Alopecosa albofasciata 6 30 0 0 0.000 0.007 0.007 0.05357143 0.4230769 Alopecosa barbipes 15 18 0 1 0.000 0.121 0.121 0.05357143 0.4230769 Alopecosa cuneata 21 36 0 0 0.000 0.001 0.001 0.05357143 0.4230769 Alopecosa cursor 5 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.05357143 0.4230769 Alopecosa fabrilis 7 25 0 0 0.000 0.025 0.025 0.05357143 0.4230769 Alopecosa pulverulenta 24 44 0 0 0.000 0.000 0.000 0.05357143 0.4230769 Alopecosa striatipes 7 17 0 1 0.000 0.149 0.149 0.05357143 0.4230769 Alopecosa trabalis 5 30 0 0 0.000 0.007 0.007 0.05357143 0.4230769 Altella lucida 3 11 1 1 0.051 0.433 0.484 0.05357143 0.4230769 Amaurobius erberi 14 27 0 0 0.000 0.015 0.015 0.05357143 0.4230769 Amaurobius fenestralis 10 34 0 0 0.000 0.002 0.002 0.05357143 0.4230769 Amaurobius ferox 34 28 0 0 0.000 0.011 0.011 0.05357143 0.4230769 Amaurobius similis 25 23 0 0 0.000 0.040 0.040 0.05357143 0.4230769 Anelosimus pulchellus 3 20 1 1 0.051 0.080 0.131 0.05357143 0.4230769 Anelosimus vittatus 26 32 0 0 0.000 0.004 0.004 0.05357143 0.4230769 Antistea elegans 19 32 0 0 0.000 0.004 0.004 0.05357143 0.4230769 Anyphaena accentuata 35 40 0 0 0.000 0.000 0.000 0.05357143 0.4230769 Aphantaulax trifasciata 6 22 0 1 0.000 0.051 0.051 0.05357143 0.4230769 Aphileta misera 5 20 0 1 0.000 0.080 0.080 0.05357143 0.4230769 Apostenus fuscus 2 23 1 0 0.285 0.040 0.326 0.05357143 0.4230769 Araeoncus humilis 8 37 0 0 0.000 0.001 0.001 0.05357143 0.4230769 Araneus alsine 5 30 0 0 0.000 0.007 0.007 0.05357143 0.4230769 Araneus angulatus 14 42 0 0 0.000 0.000 0.000 0.05357143 0.4230769 Araneus diadematus 56 52 0 0 0.000 0.000 0.000 0.05357143 0.4230769 Araneus marmoreus 3 37 1 0 0.051 0.001 0.052 0.05357143 0.4230769 Araneus pallidus 2 5 1 1 0.285 1.000 1.285 0.05357143 0.4230769 Araneus quadratus 17 37 0 0 0.000 0.001 0.001 0.05357143 0.4230769 Araneus sturmi 8 34 0 0 0.000 0.002 0.002 0.05357143 0.4230769 > rWeights(o, wMethods = c("W", "invQ", "oldW"), extended = TRUE) Rarity cut-off points: occurMA 0.0535714285714286 / 3 occurWP 0.423076923076923 / 22 Q1 Q2 R1 R2 W1 W2 W invQ1 invQ2 invQ oldW1 Acartauchenius scurrilis 3 22 1 1 0.051 0.051 0.102 0.333 0.227 0.561 0.005 Achaearanea riparia 2 27 1 0 0.285 0.015 0.300 0.500 0.185 0.685 0.106 Achaearanea simulans NA 26 NA 0 NA 0.019 NA NA 0.192 NA NA Aculepeira ceropegia 2 NA 1 NA 0.285 NA NA 0.500 NA NA 0.106 Aelurillus v-insignitus NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA Agalenatea redii 28 51 0 0 0.000 0.000 0.000 0.036 0.098 0.134 0.000 Agelena labyrinthica 20 45 0 0 0.000 0.000 0.000 0.050 0.111 0.161 0.000 Agraecina lineata 1 7 1 1 1.000 0.777 1.777 1.000 0.714 1.714 1.000 Agroeca brunnea 15 28 0 0 0.000 0.011 0.011 0.067 0.179 0.245 0.000 Agroeca cuprea 7 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.143 0.172 0.315 0.000 Agroeca inopina 16 8 0 1 0.000 0.678 0.678 0.062 0.625 0.688 0.000 Agroeca lusatica 6 21 0 1 0.000 0.064 0.064 0.167 0.238 0.405 0.000 Agroeca proxima 18 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.056 0.172 0.228 0.000 Agyneta cauta 2 27 1 0 0.285 0.015 0.300 0.500 0.185 0.685 0.106 Agyneta conigera 5 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.200 0.172 0.372 0.000 Agyneta decora 1 22 1 1 1.000 0.051 1.051 1.000 0.227 1.227 1.000 Agyneta ramosa 2 25 1 0 0.285 0.025 0.310 0.500 0.200 0.700 0.106 Agyneta subtilis 7 26 0 0 0.000 0.019 0.019 0.143 0.192 0.335 0.000 Alioranus pauper 1 6 1 1 1.000 0.884 1.884 1.000 0.833 1.833 1.000 Allagelena gracilens 6 27 0 0 0.000 0.015 0.015 0.167 0.185 0.352 0.000 Allomengea vidua 1 19 1 1 1.000 0.099 1.099 1.000 0.263 1.263 1.000 Alopecosa accentuata 8 23 0 0 0.000 0.040 0.040 0.125 0.217 0.342 0.000 Alopecosa albofasciata 6 30 0 0 0.000 0.007 0.007 0.167 0.167 0.333 0.000 Alopecosa barbipes 15 18 0 1 0.000 0.121 0.121 0.067 0.278 0.344 0.000 Alopecosa cuneata 21 36 0 0 0.000 0.001 0.001 0.048 0.139 0.187 0.000 Alopecosa cursor 5 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.200 0.172 0.372 0.000 Alopecosa fabrilis 7 25 0 0 0.000 0.025 0.025 0.143 0.200 0.343 0.000 Alopecosa pulverulenta 24 44 0 0 0.000 0.000 0.000 0.042 0.114 0.155 0.000 Alopecosa striatipes 7 17 0 1 0.000 0.149 0.149 0.143 0.294 0.437 0.000 Alopecosa trabalis 5 30 0 0 0.000 0.007 0.007 0.200 0.167 0.367 0.000 Altella lucida 3 11 1 1 0.051 0.433 0.484 0.333 0.455 0.788 0.005 Amaurobius erberi 14 27 0 0 0.000 0.015 0.015 0.071 0.185 0.257 0.000 Amaurobius fenestralis 10 34 0 0 0.000 0.002 0.002 0.100 0.147 0.247 0.000 Amaurobius ferox 34 28 0 0 0.000 0.011 0.011 0.029 0.179 0.208 0.000 Amaurobius similis 25 23 0 0 0.000 0.040 0.040 0.040 0.217 0.257 0.000 Anelosimus pulchellus 3 20 1 1 0.051 0.080 0.131 0.333 0.250 0.583 0.005 Anelosimus vittatus 26 32 0 0 0.000 0.004 0.004 0.038 0.156 0.195 0.000 Antistea elegans 19 32 0 0 0.000 0.004 0.004 0.053 0.156 0.209 0.000 Anyphaena accentuata 35 40 0 0 0.000 0.000 0.000 0.029 0.125 0.154 0.000 Aphantaulax trifasciata 6 22 0 1 0.000 0.051 0.051 0.167 0.227 0.394 0.000 Aphileta misera 5 20 0 1 0.000 0.080 0.080 0.200 0.250 0.450 0.000 Apostenus fuscus 2 23 1 0 0.285 0.040 0.326 0.500 0.217 0.717 0.106 Araeoncus humilis 8 37 0 0 0.000 0.001 0.001 0.125 0.135 0.260 0.000 Araneus alsine 5 30 0 0 0.000 0.007 0.007 0.200 0.167 0.367 0.000 Araneus angulatus 14 42 0 0 0.000 0.000 0.000 0.071 0.119 0.190 0.000 Araneus diadematus 56 52 0 0 0.000 0.000 0.000 0.018 0.096 0.114 0.000 Araneus marmoreus 3 37 1 0 0.051 0.001 0.052 0.333 0.135 0.468 0.005 Araneus pallidus 2 5 1 1 0.285 1.000 1.285 0.500 1.000 1.500 0.106 Araneus quadratus 17 37 0 0 0.000 0.001 0.001 0.059 0.135 0.194 0.000 Araneus sturmi 8 34 0 0 0.000 0.002 0.002 0.125 0.147 0.272 0.000 oldW2 oldW cut.off1 cut.off2 Acartauchenius scurrilis 0.169 0.174 0.05357143 0.4230769 Achaearanea riparia 0.087 0.193 0.05357143 0.4230769 Achaearanea simulans 0.100 NA 0.05357143 0.4230769 Aculepeira ceropegia NA NA 0.05357143 0.4230769 Aelurillus v-insignitus NA NA 0.05357143 0.4230769 Agalenatea redii 0.002 0.002 0.05357143 0.4230769 Agelena labyrinthica 0.005 0.005 0.05357143 0.4230769 Agraecina lineata 0.842 1.842 0.05357143 0.4230769 Agroeca brunnea 0.076 0.076 0.05357143 0.4230769 Agroeca cuprea 0.066 0.066 0.05357143 0.4230769 Agroeca inopina 0.770 0.770 0.05357143 0.4230769 Agroeca lusatica 0.191 0.191 0.05357143 0.4230769 Agroeca proxima 0.066 0.066 0.05357143 0.4230769 Agyneta cauta 0.087 0.193 0.05357143 0.4230769 Agyneta conigera 0.066 0.066 0.05357143 0.4230769 Agyneta decora 0.169 1.169 0.05357143 0.4230769 Agyneta ramosa 0.114 0.220 0.05357143 0.4230769 Agyneta subtilis 0.100 0.100 0.05357143 0.4230769 Alioranus pauper 0.919 1.919 0.05357143 0.4230769 Allagelena gracilens 0.087 0.087 0.05357143 0.4230769 Allomengea vidua 0.243 1.243 0.05357143 0.4230769 Alopecosa accentuata 0.148 0.148 0.05357143 0.4230769 Alopecosa albofasciata 0.057 0.057 0.05357143 0.4230769 Alopecosa barbipes 0.274 0.274 0.05357143 0.4230769 Alopecosa cuneata 0.023 0.023 0.05357143 0.4230769 Alopecosa cursor 0.066 0.066 0.05357143 0.4230769 Alopecosa fabrilis 0.114 0.114 0.05357143 0.4230769 Alopecosa pulverulenta 0.006 0.006 0.05357143 0.4230769 Alopecosa striatipes 0.307 0.307 0.05357143 0.4230769 Alopecosa trabalis 0.057 0.057 0.05357143 0.4230769 Altella lucida 0.580 0.585 0.05357143 0.4230769 Amaurobius erberi 0.087 0.087 0.05357143 0.4230769 Amaurobius fenestralis 0.031 0.031 0.05357143 0.4230769 Amaurobius ferox 0.076 0.076 0.05357143 0.4230769 Amaurobius similis 0.148 0.148 0.05357143 0.4230769 Anelosimus pulchellus 0.216 0.221 0.05357143 0.4230769 Anelosimus vittatus 0.042 0.042 0.05357143 0.4230769 Antistea elegans 0.042 0.042 0.05357143 0.4230769 Anyphaena accentuata 0.012 0.012 0.05357143 0.4230769 Aphantaulax trifasciata 0.169 0.169 0.05357143 0.4230769 Aphileta misera 0.216 0.216 0.05357143 0.4230769 Apostenus fuscus 0.148 0.254 0.05357143 0.4230769 Araeoncus humilis 0.019 0.019 0.05357143 0.4230769 Araneus alsine 0.057 0.057 0.05357143 0.4230769 Araneus angulatus 0.008 0.008 0.05357143 0.4230769 Araneus diadematus 0.001 0.001 0.05357143 0.4230769 Araneus marmoreus 0.019 0.025 0.05357143 0.4230769 Araneus pallidus 1.000 1.106 0.05357143 0.4230769 Araneus quadratus 0.019 0.019 0.05357143 0.4230769 Araneus sturmi 0.031 0.031 0.05357143 0.4230769 > assemblages.matrix <- cbind(assemblage.1 = sample(c(0, 1), 50, replace = TRUE), + assemblage.2 = sample(c(0, 1), 50, replace = TRUE), + assemblage.3 = sample(c(0, 1), 50, replace = TRUE), + assemblage.4 = sample(c(0, 1), 50, replace = TRUE), + assemblage.5 = sample(c(0, 1), 50, replace = TRUE)) > rownames(assemblages.matrix) <- rownames(o) > rWeights(o, wMethods = c("W", "invQ", "oldW"), rCutoff = "Leroy", assemblages = assemblages.matrix, extended = TRUE) Rarity cut-off points: occurMA 0.0491071428571429 / 2.75 occurWP 0.424038461538462 / 22.05 Q1 Q2 R1 R2 W1 W2 W invQ1 invQ2 invQ oldW1 Acartauchenius scurrilis 3 22 0 1 0.029 0.051 0.080 0.333 0.227 0.561 0.002 Achaearanea riparia 2 27 1 0 0.230 0.015 0.245 0.500 0.185 0.685 0.066 Achaearanea simulans NA 26 NA 0 NA 0.020 NA NA 0.192 NA NA Aculepeira ceropegia 2 NA 1 NA 0.230 NA NA 0.500 NA NA 0.066 Aelurillus v-insignitus NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA Agalenatea redii 28 51 0 0 0.000 0.000 0.000 0.036 0.098 0.134 0.000 Agelena labyrinthica 20 45 0 0 0.000 0.000 0.000 0.050 0.111 0.161 0.000 Agraecina lineata 1 7 1 1 1.000 0.777 1.777 1.000 0.714 1.714 1.000 Agroeca brunnea 15 28 0 0 0.000 0.012 0.012 0.067 0.179 0.245 0.000 Agroeca cuprea 7 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.143 0.172 0.315 0.000 Agroeca inopina 16 8 0 1 0.000 0.679 0.679 0.062 0.625 0.688 0.000 Agroeca lusatica 6 21 0 1 0.000 0.065 0.065 0.167 0.238 0.405 0.000 Agroeca proxima 18 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.056 0.172 0.228 0.000 Agyneta cauta 2 27 1 0 0.230 0.015 0.245 0.500 0.185 0.685 0.066 Agyneta conigera 5 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.200 0.172 0.372 0.000 Agyneta decora 1 22 1 1 1.000 0.051 1.051 1.000 0.227 1.227 1.000 Agyneta ramosa 2 25 1 0 0.230 0.025 0.255 0.500 0.200 0.700 0.066 Agyneta subtilis 7 26 0 0 0.000 0.020 0.020 0.143 0.192 0.335 0.000 Alioranus pauper 1 6 1 1 1.000 0.885 1.885 1.000 0.833 1.833 1.000 Allagelena gracilens 6 27 0 0 0.000 0.015 0.015 0.167 0.185 0.352 0.000 Allomengea vidua 1 19 1 1 1.000 0.100 1.100 1.000 0.263 1.263 1.000 Alopecosa accentuata 8 23 0 0 0.000 0.041 0.041 0.125 0.217 0.342 0.000 Alopecosa albofasciata 6 30 0 0 0.000 0.007 0.007 0.167 0.167 0.333 0.000 Alopecosa barbipes 15 18 0 1 0.000 0.122 0.122 0.067 0.278 0.344 0.000 Alopecosa cuneata 21 36 0 0 0.000 0.001 0.001 0.048 0.139 0.187 0.000 Alopecosa cursor 5 29 0 0 0.000 0.009 0.009 0.200 0.172 0.372 0.000 Alopecosa fabrilis 7 25 0 0 0.000 0.025 0.025 0.143 0.200 0.343 0.000 Alopecosa pulverulenta 24 44 0 0 0.000 0.000 0.000 0.042 0.114 0.155 0.000 Alopecosa striatipes 7 17 0 1 0.000 0.150 0.150 0.143 0.294 0.437 0.000 Alopecosa trabalis 5 30 0 0 0.000 0.007 0.007 0.200 0.167 0.367 0.000 Altella lucida 3 11 0 1 0.029 0.435 0.463 0.333 0.455 0.788 0.002 Amaurobius erberi 14 27 0 0 0.000 0.015 0.015 0.071 0.185 0.257 0.000 Amaurobius fenestralis 10 34 0 0 0.000 0.002 0.002 0.100 0.147 0.247 0.000 Amaurobius ferox 34 28 0 0 0.000 0.012 0.012 0.029 0.179 0.208 0.000 Amaurobius similis 25 23 0 0 0.000 0.041 0.041 0.040 0.217 0.257 0.000 Anelosimus pulchellus 3 20 0 1 0.029 0.080 0.109 0.333 0.250 0.583 0.002 Anelosimus vittatus 26 32 0 0 0.000 0.004 0.004 0.038 0.156 0.195 0.000 Antistea elegans 19 32 0 0 0.000 0.004 0.004 0.053 0.156 0.209 0.000 Anyphaena accentuata 35 40 0 0 0.000 0.000 0.000 0.029 0.125 0.154 0.000 Aphantaulax trifasciata 6 22 0 1 0.000 0.051 0.051 0.167 0.227 0.394 0.000 Aphileta misera 5 20 0 1 0.000 0.080 0.081 0.200 0.250 0.450 0.000 Apostenus fuscus 2 23 1 0 0.230 0.041 0.270 0.500 0.217 0.717 0.066 Araeoncus humilis 8 37 0 0 0.000 0.001 0.001 0.125 0.135 0.260 0.000 Araneus alsine 5 30 0 0 0.000 0.007 0.007 0.200 0.167 0.367 0.000 Araneus angulatus 14 42 0 0 0.000 0.000 0.000 0.071 0.119 0.190 0.000 Araneus diadematus 56 52 0 0 0.000 0.000 0.000 0.018 0.096 0.114 0.000 Araneus marmoreus 3 37 0 0 0.029 0.001 0.029 0.333 0.135 0.468 0.002 Araneus pallidus 2 5 1 1 0.230 1.000 1.230 0.500 1.000 1.500 0.066 Araneus quadratus 17 37 0 0 0.000 0.001 0.001 0.059 0.135 0.194 0.000 Araneus sturmi 8 34 0 0 0.000 0.002 0.002 0.125 0.147 0.272 0.000 oldW2 oldW cut.off1 cut.off2 Acartauchenius scurrilis 0.171 0.173 0.04910714 0.4240385 Achaearanea riparia 0.089 0.155 0.04910714 0.4240385 Achaearanea simulans 0.102 NA 0.04910714 0.4240385 Aculepeira ceropegia NA NA 0.04910714 0.4240385 Aelurillus v-insignitus NA NA 0.04910714 0.4240385 Agalenatea redii 0.002 0.002 0.04910714 0.4240385 Agelena labyrinthica 0.005 0.005 0.04910714 0.4240385 Agraecina lineata 0.843 1.843 0.04910714 0.4240385 Agroeca brunnea 0.077 0.077 0.04910714 0.4240385 Agroeca cuprea 0.067 0.067 0.04910714 0.4240385 Agroeca inopina 0.771 0.771 0.04910714 0.4240385 Agroeca lusatica 0.193 0.193 0.04910714 0.4240385 Agroeca proxima 0.067 0.067 0.04910714 0.4240385 Agyneta cauta 0.089 0.155 0.04910714 0.4240385 Agyneta conigera 0.067 0.067 0.04910714 0.4240385 Agyneta decora 0.171 1.171 0.04910714 0.4240385 Agyneta ramosa 0.116 0.182 0.04910714 0.4240385 Agyneta subtilis 0.102 0.102 0.04910714 0.4240385 Alioranus pauper 0.919 1.919 0.04910714 0.4240385 Allagelena gracilens 0.089 0.089 0.04910714 0.4240385 Allomengea vidua 0.246 1.246 0.04910714 0.4240385 Alopecosa accentuata 0.151 0.151 0.04910714 0.4240385 Alopecosa albofasciata 0.058 0.058 0.04910714 0.4240385 Alopecosa barbipes 0.276 0.276 0.04910714 0.4240385 Alopecosa cuneata 0.023 0.023 0.04910714 0.4240385 Alopecosa cursor 0.067 0.067 0.04910714 0.4240385 Alopecosa fabrilis 0.116 0.116 0.04910714 0.4240385 Alopecosa pulverulenta 0.006 0.006 0.04910714 0.4240385 Alopecosa striatipes 0.309 0.309 0.04910714 0.4240385 Alopecosa trabalis 0.058 0.058 0.04910714 0.4240385 Altella lucida 0.582 0.583 0.04910714 0.4240385 Amaurobius erberi 0.089 0.089 0.04910714 0.4240385 Amaurobius fenestralis 0.032 0.032 0.04910714 0.4240385 Amaurobius ferox 0.077 0.077 0.04910714 0.4240385 Amaurobius similis 0.151 0.151 0.04910714 0.4240385 Anelosimus pulchellus 0.218 0.220 0.04910714 0.4240385 Anelosimus vittatus 0.043 0.043 0.04910714 0.4240385 Antistea elegans 0.043 0.043 0.04910714 0.4240385 Anyphaena accentuata 0.012 0.012 0.04910714 0.4240385 Aphantaulax trifasciata 0.171 0.171 0.04910714 0.4240385 Aphileta misera 0.218 0.218 0.04910714 0.4240385 Apostenus fuscus 0.151 0.216 0.04910714 0.4240385 Araeoncus humilis 0.020 0.020 0.04910714 0.4240385 Araneus alsine 0.058 0.058 0.04910714 0.4240385 Araneus angulatus 0.009 0.009 0.04910714 0.4240385 Araneus diadematus 0.001 0.001 0.04910714 0.4240385 Araneus marmoreus 0.020 0.022 0.04910714 0.4240385 Araneus pallidus 1.000 1.066 0.04910714 0.4240385 Araneus quadratus 0.020 0.020 0.04910714 0.4240385 Araneus sturmi 0.032 0.032 0.04910714 0.4240385 > > proc.time() user system elapsed 0.43 0.07 0.51